Publikacja w Nucleic Acids Research – Web Server Issue (2023)

30 10 2023

W publikacji w Nucleic Acids Research – Web Server Issue został przedstawiony serwer internetowy GS-SMD (https://gs-smd.biomodellab.eu/) zbudowany przez grupę badawczą profesora Sławomira Filipka. Serwer ten, wykorzystując metodę sterowanej dynamiki molekularnej, umożliwia badanie zachowania się substratów γ-sekretazy (kompleksu białkowego składającego się z czterech białek błonowych) w jego miejscu aktywnym.

γ-Sekretaza jest proteazą wykonującą cięcie substratów w środowisku błony komórkowej. Znanych jest ponad 170 substratów tego enzymu, a najważniejszym z nich jest APP (Amyloid Precursor Protein), z którego powstaje β-amyloid (Aβ), uważany za czynnik sprawczy w chorobie Alzheimera. Serwer GS-SMD umożliwia także wprowadzanie mutacji, zarówno do enzymu jak i substratu, aby zbadać ich wpływ na rozwijanie się helisy substratu w miejscu aktywnym oraz na mechanizm przycinania substratu (trimming), prowadzący do powstania różnych produktów, np. Aβ₄₂, który jest głównym składnikiem blaszek amyloidowych w chorobach neurodegeneracyjnych.

U. Orzeł, P. Pasznik, P. Miszta, M. Lorkowski, S. Niewieczerzał, J. Jakowiecki, S. Filipek. GS-SMD server for steered molecular dynamics of peptide substrates in the active site of the γ-secretase complex. Nucleic Acids Research (2023) 51, W251-W262.

Link do publikacji: https://academic.oup.com/nar/article/51/W1/W251/7173862